La historia posterior a Angkor también se conoce como la edad oscura de la historia de Camboya debido a la falta de evidencia histórica. Después de que los tailandeses saquearan violentamente Angkor en 1431, los jemeres se retiraron y trasladaron la capital a Phnom Penh. Poco se sabe sobre las razones de esta retirada, aunque los estudiosos han mencionado las continuas ofensivas tailandesas, la falta de mano de obra humana para sostener el complejo sistema de riego y el debilitamiento del control central, que condujo a la independencia de algunos principados limítrofes.
Sin embargo, los templos nunca fueron completamente abandonados y algunos de ellos fueron mantenidos por monjes budistas, y una corte camboyana regresó brevemente en el siglo XVI. Mientras tanto, el rey Ang Chan trasladó la capital a Lover y fomentó el comercio marítimo, atrayendo así a comunidades comerciales extranjeras en el siglo XVI. Es en esta época también que llegaron misioneros españoles y portugueses de Malaca y han dejado relatos escritos de Angkor Wat y otros templos.
¿Quién invadió el Imperio de angkor?
En 1594, los tailandeses invadieron Lovek, dando un golpe fatal al reino jemer. A diferencia de Camboya, sus vecinos Vietnam y Tailandia se fortalecieron y comenzaron a anexarse territorios camboyanos. En el siglo XVII, Vietnam había cortado el acceso de Camboya al mar. Durante el siglo siguiente, Camboya se convirtió en un títere en manos de Siam y Vietnam, cuyas luchas por controlar el Reino Khmer se detuvieron solo por breves períodos debido a amenazas internas o externas a su propia estabilidad.